Trước năm 1975

Căn cứ Trung ương Cục miền Nam được thành lập vào tháng 3 năm 1951, với vai trò là cơ quan cao nhất, chỉ đạo và lãnh đạo trực tiếp cách mạng miền Nam, là một bộ phận của Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam[3] được ủy thác chỉ đạo công tác của Trung ương Đảng Lao động Việt Nam trong Chiến tranh Việt Nam.[4]

Khi thành lập, Trung ương Cục miền Nam nằm tại vùng U Minh Thượng, tỉnh Cà Mau (nay thuộc huyện Vĩnh Thuận, tỉnh Kiên Giang). Đến tháng 10 năm 1954, Trung ương Đảng Lao động Việt Nam (nay là Đảng Cộng sản Việt Nam) quyết định giải thể Trung ương Cục miền Nam để thành lập Xứ ủy Nam Bộ. Tuy nhiên, sau đó đã được tái thành lập vào ngày 23 tháng 11 năm 1961, tại Chiến khu Đ, Suối Nhum, Mã Đà thuộc huyện Vĩnh Cửu, tỉnh Đồng Nai. Cơ quan Trung ương Cục miền Nam đã phải di chuyển vị trí trú đóng trên 30 lần và lần cuối cùng là tại Khu B – Bắc Tây Ninh.[4] Lúc bấy giờ, lực lượng Việt Nam Cộng hòa đã gọi khu căn cứ là "Thủ đô Việt Cộng".[5]

Sau năm 1975

Vào ngày 31 tháng 8 năm 1990, Bộ Văn hóa – Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) đã công nhận di tích lịch sử văn hóa Căn cứ Trung ương Cục miền Nam.[6][7] Năm 1992, khu căn cứ đã được khởi công phục chế trùng tu. Đến ngày 30 tháng 4 năm 1994, công trình cơ bản của khu Căn cứ được hoàn thành giai đoạn một với tổng kinh phí là khoảng 2,75 tỷ đồng.[7]

Vào khoảng tháng 10 năm 2003, 4 khu căn cứ đầu não của Căn cứ là: Mặt trận Dân tộc Giải phóng, Chính phủ Cách mạng lâm thời; Quân ủy miền Nam và Trung ương Cục miền Nam đã được trùng tu giai đoạn hai với tổng kinh phí là 10 tỷ đồng và hoàn thành vào ngày 29 tháng 1 năm 2005.[7][8]

Theo Quyết định số 548/QĐ-TTg ngày 10 tháng 5 năm 2012 của Thủ tướng Chính phủ do Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân đã thay mặt ký và công nhận Căn cứ Trung ương Cục miền Nam là Di tích lịch sử – văn hóa Quốc gia đặc biệt.[8] Đến nay, báo chí Việt Nam vẫn gọi vùng đất này là "Thủ đô của cách mạng miền Nam".[9][4]

Năm 2013, Hội đồng nhân dân tỉnh Tây Ninh đã đề ra Nghị quyết về Quy hoạch tổng thể phát triển du lịch Tây Ninh đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 trong đó có khu di tích quốc gia đặc biệt Trung ương Cục miền Nam.[10]